Vaikka dokumentista pystytäänkin saamaan selville sen määrittelevä DTD, se ei välttämättä kuitenkaan ole täydellinen. Saatu DTD kuvaa tarkkaan lähteenä käytetyn dokumentin, mutta se ei ehkä ole kuitenkaan täysin oikein seuraavaa dokumenttia ajatellen. Jos esimerkiksi alkuperäisessä, kadonneessa DTD:ssä on vapaaehtoisia elementtejä tai elementtejä, jotka voivat esiintyä monissa paikoissa, tarvitsisi DTD:tä rakentavan ohjelman käydä läpi kaikki mahdolliset dokumentit, jotka vastaavat kyseistä DTD:tä. Tämä ei selvästikään ole aina mahdollista.

Kun korvaava DTD on saatu riittävän hyväksi (eli se käytännössä pätee kaikille käyttäjän tuntemille dokumenteille), palautuu muunnosongelma taas normaaliksi.